Coexpression cluster:C26: Difference between revisions
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apoptosis!0.0383148415908638!8915$GO:0033364!mast cell secretory granule organization and biogenesis!0.0383148415908638!5552$GO:0004218!cathepsin S activity!0.0383148415908638!1520$GO:0001803!regulation of type III hypersensitivity!0.0383148415908638!2207$GO:0033368!protease localization in mast cell secretory granule!0.0383148415908638!5552$GO:0042891!antibiotic transport!0.0383148415908638!7097$GO:0032490!detection of molecule of bacterial origin!0.0383148415908638!64127$GO:0050861!positive regulation of B cell receptor signaling pathway!0.0383148415908638!150372$GO:0032495!response to muramyl dipeptide!0.0383148415908638!64127$GO:0030348!syntaxin-3 binding!0.0383148415908638!6813$GO:0015734!taurine transport!0.0383148415908638!6533$GO:0032499!detection of peptidoglycan!0.0383148415908638!64127$GO:0033374!protein localization in T cell secretory granule!0.0383148415908638!5552$GO:0002901!mature B cell apoptosis!0.0383148415908638!8915$GO:0032494!response to peptidoglycan!0.0383148415908638!64127$GO:0030881!beta-2-microglobulin binding!0.0383148415908638!912$GO:0033023!mast cell homeostasis!0.0383148415908638!2207$GO:0008434!vitamin D3 receptor activity!0.0383148415908638!7421$GO:0004187!carboxypeptidase D activity!0.0383148415908638!1362$GO:0002431!Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway!0.0383148415908638!2207$GO:0006886!intracellular protein transport!0.0383148415908638!6386;6813;26088;8740;10043;8905;27230;6809;8021;8676$GO:0032943!mononuclear cell proliferation!0.0383148415908638!2000;8740;7940$GO:0045727!positive regulation of translation!0.0383148415908638!4615;8915;943$GO:0030131!clathrin adaptor complex!0.0383148415908638!8905;26088;54812$GO:0046651!lymphocyte proliferation!0.0383148415908638!2000;8740;7940$GO:0030097!hemopoiesis!0.0393055798470624!9935;4067;912;6688;150372$GO:0030119!AP-type membrane coat adaptor complex!0.0399478438347448!8905;26088;54812$GO:0006516!glycoprotein catabolic process!0.0399478438347448!5663;4126$GO:0019209!kinase activator activity!0.0399478438347448!8915;3084$GO:0012510!trans-Golgi network transport vesicle membrane!0.0399478438347448!8905;54812$GO:0008305!integrin complex!0.0416939217740311!3687;3689;3684$GO:0046982!protein heterodimerization activity!0.0417941675612297!6386;912;3684;1051$GO:0019905!syntaxin binding!0.0440391752151675!26258;6813$GO:0009306!protein secretion!0.0455905431133296!3937;5552;64127$GO:0046903!secretion!0.0459302065463414!3937;366;5552;26258;6813;6583;64127;2207$GO:0050793!regulation of developmental process!0.0463991328541862!9935;10672;3689;6688;7940;121512 |
Revision as of 15:28, 12 September 2012
Full id: C26_Eosinophils_Neutrophils_CD14_CD14CD16_Basophils_Monocytederived_Whole
Phase1 CAGE Peaks
Enriched pathways on this co-expression cluster<b>Summary:</b><br>Canonical pathway gene sets were compiled from Reactome, Wikipathways and KEGG. For the major signaling pathways, the transcriptionally-regulated genes (downstream targets) were obtained from Netpath. Combined, the canonical pathways and downstream targets totaled 489 human gene sets. The corresponding M. musculus gene sets were inferred by homology using the HomoloGene database. Enrichment for each of the canonical 489 pathways and gene sets included in the co-expression cluster was assessed by the hypergeometric probability. The resulting P values were also then adjusted by the Benjamini-Hochberg method for multiple comparisons.<br><b>Analyst: </b>Emmanuel Dimont<br><br>link to source dataset<br>data
p.value | FDR | nGenes | nPathway | Name |
---|---|---|---|---|
0.00210270397278665 | 0.0283643277689648 | 3 | 25 | Nicotinate and nicotinamide metabolism (KEGG):00760 |
2.19470554783533e-05 | 0.000771804784322091 | 12 | 265 | Cytokine-cytokine receptor interaction (KEGG):04060 |
0.00016032408551047 | 0.00338283820427091 | 9 | 189 | Chemokine signaling pathway (KEGG):04062 |
0.000265683255398174 | 0.00509628789900134 | 7 | 121 | Lysosome (KEGG):04142 |
9.41979212788425e-09 | 1.19254568339015e-06 | 13 | 156 | Phagosome (KEGG):04145 |
0.00138780438603381 | 0.0204297715432419 | 4 | 47 | Notch signaling pathway (KEGG):04330 |
1.38355162575075e-15 | 4.37894089550111e-13 | 18 | 128 | Osteoclast differentiation (KEGG):04380 |
0.0041386555775396 | 0.0451684306996994 | 5 | 102 | Toll-like receptor signaling pathway (KEGG):04620 |
0.00321584695640288 | 0.0391467523731351 | 4 | 59 | NOD-like receptor signaling pathway (KEGG):04621 |
0.00021429850188657 | 0.00423909224044372 | 8 | 155 | Jak-STAT signaling pathway (KEGG):04630 |
2.01409574227168e-08 | 1.59758257887329e-06 | 12 | 137 | Natural killer cell mediated cytotoxicity (KEGG):04650 |
0.0010733031461005 | 0.0167141974071038 | 5 | 75 | B cell receptor signaling pathway (KEGG):04662 |
0.000167841842169932 | 0.00342722213205054 | 6 | 79 | Fc epsilon RI signaling pathway (KEGG):04664 |
5.8343161504992e-05 | 0.00175862958250762 | 7 | 95 | Fc gamma R-mediated phagocytosis (KEGG):04666 |
0.0017726751998801 | 0.0249356311449801 | 8 | 214 | Regulation of actin cytoskeleton (KEGG):04810 |
0.00217108722785528 | 0.0286312128173415 | 4 | 53 | Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) (KEGG):05014 |
6.29137107331061e-08 | 4.42493098822846e-06 | 9 | 73 | Leishmaniasis (KEGG):05140 |
0.0044944671353932 | 0.0475224096999027 | 5 | 104 | Chagas disease (American trypanosomiasis) (KEGG):05142 |
7.41536578885903e-05 | 0.0019030767731606 | 8 | 133 | Toxoplasmosis (KEGG):05145 |
0.000116879046210597 | 0.00264230129468957 | 7 | 106 | Amoebiasis (KEGG):05146 |
1.06512111842637e-07 | 6.74221667963894e-06 | 8 | 56 | Staphylococcus aureus infection (KEGG):05150 |
3.49983290919671e-16 | 2.21539423152152e-13 | 21 | 182 | Tuberculosis (KEGG):05152 |
7.81674503983818e-05 | 0.0019030767731606 | 8 | 134 | Measles (KEGG):05162 |
9.34287433017998e-05 | 0.00219038498185331 | 9 | 176 | Influenza A (KEGG):05164 |
0.00265478867993691 | 0.0336096246880012 | 5 | 92 | Rheumatoid arthritis (KEGG):05323 |
5.58414603213884e-07 | 3.21342221667626e-05 | 8 | 69 | IL-5 Signaling Pathway (Wikipathways):WP127 |
0.000752338728751996 | 0.0125323793500004 | 4 | 40 | NOD pathway (Wikipathways):WP1433 |
0.0010825941448519 | 0.0167141974071038 | 3 | 20 | Eicosanoid Synthesis (Wikipathways):WP167 |
7.11797888184495e-06 | 0.000300378708813857 | 10 | 161 | B Cell Receptor Signaling Pathway (Wikipathways):WP23 |
0.0012799549587713 | 0.0192907497357675 | 4 | 46 | Notch Signaling Pathway (Wikipathways):WP268 |
0.0041386555775396 | 0.0451684306996994 | 5 | 102 | IL-3 Signaling Pathway (Wikipathways):WP286 |
0.000734767934485199 | 0.0125323793500004 | 5 | 69 | Kit Receptor Signaling Pathway (Wikipathways):WP304 |
0.00346235995346592 | 0.0413523368027156 | 7 | 188 | Focal Adhesion (Wikipathways):WP306 |
7.59006461325607e-05 | 0.0019030767731606 | 7 | 99 | IL-6 Signaling Pathway (Wikipathways):WP364 |
0.00162222970345282 | 0.0233379864155826 | 4 | 49 | Diurnally regulated genes with circadian orthologs (Wikipathways):WP410 |
0.000752338728751996 | 0.0125323793500004 | 4 | 40 | G13 Signaling Pathway (Wikipathways):WP524 |
1.23152256122436e-05 | 0.000487221113284388 | 6 | 50 | Type II interferon signaling (IFNG) (Wikipathways):WP619 |
1.44160653729474e-08 | 1.52089489684595e-06 | 12 | 133 | T Cell Receptor Signaling Pathway (Wikipathways):WP69 |
0.0041386555775396 | 0.0451684306996994 | 5 | 102 | Toll-like receptor signaling pathway (Wikipathways):WP75 |
1.93492498359097e-14 | 4.08269171537694e-12 | 30 | 511 | Signaling in Immune system (Reactome):REACT_6900 |
0.00210604013450449 | 0.0283643277689648 | 8 | 220 | Signalling by NGF (Reactome):REACT_11061 |
2.0190617110563e-08 | 1.59758257887329e-06 | 21 | 466 | Hemostasis (Reactome):REACT_604 |
0.000295725248406183 | 0.00550570830120924 | 13 | 401 | Transmembrane transport of small molecules (Reactome):REACT_15518 |
0.000880837521100879 | 0.0142966705347912 | 19 | 816 | TGF beta receptor up reg. targets (Netpath):NetPath_7 |
3.03208345042419e-06 | 0.000147639140316808 | 23 | 740 | TGF beta receptor down reg. targets (Netpath):NetPath_7 |
2.49214619662143e-05 | 0.000830278180242824 | 21 | 728 | TNF alpha/NF-kB up reg. targets (Netpath):NetPath_9 |
6.6679280793151e-09 | 1.05519961855161e-06 | 16 | 246 | B Cell Receptor up reg. targets (Netpath):NetPath_12 |
0.00289477132790361 | 0.0359292205992742 | 7 | 182 | B Cell Receptor down reg. targets (Netpath):NetPath_12 |
7.26424414660834e-05 | 0.0019030767731606 | 6 | 68 | T Cell Receptor down reg. targets (Netpath):NetPath_11 |
3.03130027733277e-06 | 0.000147639140316808 | 17 | 433 | IL-2 up reg. targets (Netpath):NetPath_14 |
1.33593498908399e-05 | 0.000497439322405979 | 13 | 295 | IL-2 down reg. targets (Netpath):NetPath_14 |
6.66379624582048e-05 | 0.0019030767731606 | 8 | 131 | IL-5 up reg. targets (Netpath):NetPath_17 |
0.00357361785137221 | 0.0418907425910854 | 3 | 30 | {FYN,30} (Static Module):NA |
5.65840095958621e-06 | 0.000255840557672719 | 16 | 406 | {GRB2,414} (Static Module):NA |
0.00066068764862038 | 0.0119490080450486 | 3 | 17 | {HCLS1,17} (Static Module):NA |
3.06943049964634e-05 | 0.000971474753138067 | 7 | 86 | {JUN,88} (Static Module):NA |
0.000122995274538997 | 0.00268468995804087 | 3 | 10 | {SPI1,10} (Static Module):NA |
0.00450449381041732 | 0.0475224096999027 | 2 | 10 | {TLE1,10} (Static Module):NA |
0.00241230155738467 | 0.0311629976698876 | 5 | 90 | {TRAF2,90} (Static Module):NA |
0.00384805504905189 | 0.0442876153827245 | 4 | 62 | {VAMP2,63} (Static Module):NA |
Enriched Gene Ontology terms on this co-expression cluster<b>Summary:</b> Results for GOStat analysis on co-expressed clusters. Each cluster with promoters mapping to at least two different genes was analysed with GOStat (PMID: 14962934) with default parameter. <br><b>Analyst:</b> Erik Arner<br><br>link to source dataset<br>data
GO ID | GO name | FDR corrected p-value |
---|---|---|
GO:0002376 | immune system process | 1.20118765244635e-23 |
GO:0005515 | protein binding | 1.09182905839681e-19 |
GO:0006955 | immune response | 2.029161774243e-19 |
GO:0006952 | defense response | 1.57236611920896e-17 |
GO:0005887 | integral to plasma membrane | 3.56951470544992e-16 |
GO:0031226 | intrinsic to plasma membrane | 6.58892987557053e-16 |
GO:0005886 | plasma membrane | 5.00885807174355e-14 |
GO:0051707 | response to other organism | 5.26086446105106e-13 |
GO:0016020 | membrane | 3.34784429214969e-12 |
GO:0044459 | plasma membrane part | 9.09884578843473e-12 |
GO:0005737 | cytoplasm | 3.2477965828267e-11 |
GO:0044464 | cell part | 8.02708375563169e-11 |
GO:0009607 | response to biotic stimulus | 1.48101209081076e-10 |
GO:0001816 | cytokine production | 4.86036389190393e-10 |
GO:0007154 | cell communication | 1.14911911228074e-09 |
GO:0051704 | multi-organism process | 1.43405977852945e-09 |
GO:0045184 | establishment of protein localization | 1.68319336975749e-09 |
GO:0007165 | signal transduction | 1.89103188637165e-09 |
GO:0007242 | intracellular signaling cascade | 4.18546939172051e-09 |
GO:0044425 | membrane part | 5.3916656987842e-09 |
GO:0008104 | protein localization | 7.16002997453345e-09 |
GO:0009611 | response to wounding | 8.62140678502574e-09 |
GO:0009605 | response to external stimulus | 1.01206693116221e-08 |
GO:0033036 | macromolecule localization | 4.46744067389888e-08 |
GO:0006954 | inflammatory response | 6.713796191904e-08 |
GO:0008219 | cell death | 9.24553325759189e-08 |
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GO:0002224 | toll-like receptor signaling pathway | 1.83829980638352e-07 |
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GO:0050707 | regulation of cytokine secretion | 0.0383148415908638 |
GO:0030695 | GTPase regulator activity | 0.0383148415908638 |
GO:0046942 | carboxylic acid transport | 0.0383148415908638 |
GO:0008092 | cytoskeletal protein binding | 0.0383148415908638 |
GO:0016064 | immunoglobulin mediated immune response | 0.0383148415908638 |
GO:0015849 | organic acid transport | 0.0383148415908638 |
GO:0046983 | protein dimerization activity | 0.0383148415908638 |
GO:0050852 | T cell receptor signaling pathway | 0.0383148415908638 |
GO:0030169 | low-density lipoprotein binding | 0.0383148415908638 |
GO:0005637 | nuclear inner membrane | 0.0383148415908638 |
GO:0030130 | clathrin coat of trans-Golgi network vesicle | 0.0383148415908638 |
GO:0019724 | B cell mediated immunity | 0.0383148415908638 |
GO:0032403 | protein complex binding | 0.0383148415908638 |
GO:0007166 | cell surface receptor linked signal transduction | 0.0383148415908638 |
GO:0033032 | regulation of myeloid cell apoptosis | 0.0383148415908638 |
GO:0045554 | regulation of TRAIL biosynthetic process | 0.0383148415908638 |
GO:0033371 | T cell secretory granule organization and biogenesis | 0.0383148415908638 |
GO:0017001 | antibiotic catabolic process | 0.0383148415908638 |
GO:0004567 | beta-mannosidase activity | 0.0383148415908638 |
GO:0008917 | lipopolysaccharide N-acetylglucosaminyltransferase activity | 0.0383148415908638 |
GO:0006050 | mannosamine metabolic process | 0.0383148415908638 |
GO:0033367 | protein localization in mast cell secretory granule | 0.0383148415908638 |
GO:0033025 | regulation of mast cell apoptosis | 0.0383148415908638 |
GO:0008457 | beta-galactosyl-N-acetylglucosaminylgalactosylglucosyl-ceramide beta-1,3-acetylglucosaminyltransferase activity | 0.0383148415908638 |
GO:0009169 | purine ribonucleoside monophosphate catabolic process | 0.0383148415908638 |
GO:0009158 | ribonucleoside monophosphate catabolic process | 0.0383148415908638 |
GO:0009125 | nucleoside monophosphate catabolic process | 0.0383148415908638 |
GO:0030653 | beta-lactam antibiotic metabolic process | 0.0383148415908638 |
GO:0002752 | cell surface pattern recognition receptor signaling pathway | 0.0383148415908638 |
GO:0005350 | pyrimidine transmembrane transporter activity | 0.0383148415908638 |
GO:0001802 | type III hypersensitivity | 0.0383148415908638 |
GO:0045556 | positive regulation of TRAIL biosynthetic process | 0.0383148415908638 |
GO:0045545 | syndecan binding | 0.0383148415908638 |
GO:0015855 | pyrimidine transport | 0.0383148415908638 |
GO:0033024 | mast cell apoptosis | 0.0383148415908638 |
GO:0002905 | regulation of mature B cell apoptosis | 0.0383148415908638 |
GO:0001875 | lipopolysaccharide receptor activity | 0.0383148415908638 |
GO:0006051 | N-acetylmannosamine metabolic process | 0.0383148415908638 |
GO:0032498 | detection of muramyl dipeptide | 0.0383148415908638 |
GO:0030655 | beta-lactam antibiotic catabolic process | 0.0383148415908638 |
GO:0051076 | Gram-positive bacterial binding | 0.0383148415908638 |
GO:0045553 | TRAIL biosynthetic process | 0.0383148415908638 |
GO:0001866 | NK T cell proliferation | 0.0383148415908638 |
GO:0033026 | negative regulation of mast cell apoptosis | 0.0383148415908638 |
GO:0001787 | natural killer cell proliferation | 0.0383148415908638 |
GO:0009128 | purine nucleoside monophosphate catabolic process | 0.0383148415908638 |
GO:0030347 | syntaxin-2 binding | 0.0383148415908638 |
GO:0050855 | regulation of B cell receptor signaling pathway | 0.0383148415908638 |
GO:0032733 | positive regulation of interleukin-10 production | 0.0383148415908638 |
GO:0004051 | arachidonate 5-lipoxygenase activity | 0.0383148415908638 |
GO:0033375 | protease localization in T cell secretory granule | 0.0383148415908638 |
GO:0045127 | N-acetylglucosamine kinase activity | 0.0383148415908638 |
GO:0032639 | TRAIL production | 0.0383148415908638 |
GO:0030882 | lipid antigen binding | 0.0383148415908638 |
GO:0006196 | AMP catabolic process | 0.0383148415908638 |
GO:0033377 | maintenance of protein localization in T cell secretory granule | 0.0383148415908638 |
GO:0008800 | beta-lactamase activity | 0.0383148415908638 |
GO:0033028 | myeloid cell apoptosis | 0.0383148415908638 |
GO:0033365 | protein localization in organelle | 0.0383148415908638 |
GO:0032500 | muramyl dipeptide binding | 0.0383148415908638 |
GO:0033370 | maintenance of protein localization in mast cell secretory granule | 0.0383148415908638 |
GO:0015288 | porin activity | 0.0383148415908638 |
GO:0042590 | antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I | 0.0383148415908638 |
GO:0030884 | exogenous lipid antigen binding | 0.0383148415908638 |
GO:0001805 | positive regulation of type III hypersensitivity | 0.0383148415908638 |
GO:0033366 | protein localization in secretory granule | 0.0383148415908638 |
GO:0042892 | chloramphenicol transport | 0.0383148415908638 |
GO:0008513 | secondary active organic cation transmembrane transporter activity | 0.0383148415908638 |
GO:0033382 | maintenance of granzyme B localization in T cell secretory granule | 0.0383148415908638 |
GO:0033373 | maintenance of protease localization in mast cell secretory granule | 0.0383148415908638 |
GO:0033380 | granzyme B localization in T cell secretory granule | 0.0383148415908638 |
GO:0033379 | maintenance of protease localization in T cell secretory granule | 0.0383148415908638 |
GO:0033033 | negative regulation of myeloid cell apoptosis | 0.0383148415908638 |
GO:0005896 | interleukin-6 receptor complex | 0.0383148415908638 |
GO:0048006 | antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib | 0.0383148415908638 |
GO:0002906 | negative regulation of mature B cell apoptosis | 0.0383148415908638 |
GO:0033364 | mast cell secretory granule organization and biogenesis | 0.0383148415908638 |
GO:0004218 | cathepsin S activity | 0.0383148415908638 |
GO:0001803 | regulation of type III hypersensitivity | 0.0383148415908638 |
GO:0033368 | protease localization in mast cell secretory granule | 0.0383148415908638 |
GO:0042891 | antibiotic transport | 0.0383148415908638 |
GO:0032490 | detection of molecule of bacterial origin | 0.0383148415908638 |
GO:0050861 | positive regulation of B cell receptor signaling pathway | 0.0383148415908638 |
GO:0032495 | response to muramyl dipeptide | 0.0383148415908638 |
GO:0030348 | syntaxin-3 binding | 0.0383148415908638 |
GO:0015734 | taurine transport | 0.0383148415908638 |
GO:0032499 | detection of peptidoglycan | 0.0383148415908638 |
GO:0033374 | protein localization in T cell secretory granule | 0.0383148415908638 |
GO:0002901 | mature B cell apoptosis | 0.0383148415908638 |
GO:0032494 | response to peptidoglycan | 0.0383148415908638 |
GO:0030881 | beta-2-microglobulin binding | 0.0383148415908638 |
GO:0033023 | mast cell homeostasis | 0.0383148415908638 |
GO:0008434 | vitamin D3 receptor activity | 0.0383148415908638 |
GO:0004187 | carboxypeptidase D activity | 0.0383148415908638 |
GO:0002431 | Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway | 0.0383148415908638 |
GO:0006886 | intracellular protein transport | 0.0383148415908638 |
GO:0032943 | mononuclear cell proliferation | 0.0383148415908638 |
GO:0045727 | positive regulation of translation | 0.0383148415908638 |
GO:0030131 | clathrin adaptor complex | 0.0383148415908638 |
GO:0046651 | lymphocyte proliferation | 0.0383148415908638 |
GO:0030097 | hemopoiesis | 0.0393055798470624 |
GO:0030119 | AP-type membrane coat adaptor complex | 0.0399478438347448 |
GO:0006516 | glycoprotein catabolic process | 0.0399478438347448 |
GO:0019209 | kinase activator activity | 0.0399478438347448 |
GO:0012510 | trans-Golgi network transport vesicle membrane | 0.0399478438347448 |
GO:0008305 | integrin complex | 0.0416939217740311 |
GO:0046982 | protein heterodimerization activity | 0.0417941675612297 |
GO:0019905 | syntaxin binding | 0.0440391752151675 |
GO:0009306 | protein secretion | 0.0455905431133296 |
GO:0046903 | secretion | 0.0459302065463414 |
GO:0050793 | regulation of developmental process | 0.0463991328541862 |
Enriched sample ontology terms on this co-expression cluster<b>Summary:</b>To summarize promoter activities (expression profile of a TSS region) across ~1000 samples, we performed enrichment analysis based on FANTOM5 Sample Ontology (FF ontology). The question here is “in which type of samples the promoter is more active”. To answer this question, we compared expressions (TPMs) in the samples associated with a sample ontology term and the rest of the samples by using the Mann-Whitney rank sum test. To summarize ontologies enriched in this co-expression cluster, we ran the same analysis on an averaged expression profile of all promoters that make up. <b>Analyst:</b> Hideya Kawaji <br><br>links to source dataset<br><br>cell_data<br>uberon_data<br><br>
Ontology term | p-value | n |
---|---|---|
hematopoietic stem cell | 1.07e-57 | 172 |
angioblastic mesenchymal cell | 1.07e-57 | 172 |
hematopoietic oligopotent progenitor cell | 9.17e-55 | 165 |
hematopoietic multipotent progenitor cell | 9.17e-55 | 165 |
leukocyte | 1.61e-54 | 140 |
hematopoietic cell | 8.49e-52 | 182 |
hematopoietic lineage restricted progenitor cell | 3.23e-45 | 124 |
nongranular leukocyte | 1.59e-43 | 119 |
myeloid cell | 1.74e-41 | 112 |
common myeloid progenitor | 1.74e-41 | 112 |
myeloid leukocyte | 1.27e-38 | 76 |
granulocyte monocyte progenitor cell | 6.85e-35 | 71 |
myeloid lineage restricted progenitor cell | 4.34e-33 | 70 |
macrophage dendritic cell progenitor | 4.64e-32 | 65 |
monopoietic cell | 5.03e-31 | 63 |
monocyte | 5.03e-31 | 63 |
monoblast | 5.03e-31 | 63 |
promonocyte | 5.03e-31 | 63 |
CD14-positive, CD16-negative classical monocyte | 9.47e-28 | 42 |
classical monocyte | 4.73e-25 | 45 |
lymphocyte | 1.29e-11 | 53 |
common lymphoid progenitor | 1.29e-11 | 53 |
lymphoid lineage restricted progenitor cell | 1.51e-11 | 52 |
mesenchymal cell | 3.06e-11 | 358 |
connective tissue cell | 1.13e-09 | 365 |
Ontology term | p-value | n |
---|---|---|
hematopoietic system | 2.32e-39 | 102 |
blood island | 2.32e-39 | 102 |
hemolymphoid system | 7.34e-38 | 112 |
bone marrow | 4.68e-30 | 80 |
bone element | 4.27e-25 | 86 |
adult organism | 5.81e-25 | 115 |
immune system | 1.14e-24 | 115 |
skeletal element | 4.79e-19 | 101 |
skeletal system | 4.79e-19 | 101 |
lateral plate mesoderm | 5.43e-11 | 216 |
connective tissue | 1.56e-08 | 375 |
blood | 1.23e-07 | 15 |
haemolymphatic fluid | 1.23e-07 | 15 |
organism substance | 1.23e-07 | 15 |
Overrepresented TFBS (DNA) motifs on this co-expression cluster<b>Summary:</b>The values shown are the p-values for overrepresentation of the motif in this coexpression cluster. So a small p-value means a strong overrepresentation. <b>Analyst:</b> Michiel de Hoon <br><br>link to source data <br> Novel motifs <br>data <br><br> Jaspar motifs <br>data
Novel motifs
JASPAR motifs
Motifs | -log10(p-value) |
---|---|
{{{tfbs_overrepresentation_jaspar}}} |
ENCODE TF ChIP-seq peak enrichment analysis<b>Summary:</b> For each TF and each co-expression cluster, the number of promoters with ENCODE TF ChIP signal was compared with the rest of promoters from the robust set using Fisher's exact test. Clusters with significant ChIP enrichment (q <= 0.05) after Benjamini-Hochberg correction were retained. <br><b>Analyst:</b> Erik Arner<br><br>link to source dataset<br><br>data
(#promoters = Number of promoters in this coexpression cluster that have ChIP signal of the TF)
TF | #promoters | Enrichment | p-value | q-value |
---|---|---|---|---|
BATF#10538 | 52 | 1.87367706094643 | 1.54636341751571e-05 | 0.00036251548588535 |
BCL11A#53335 | 49 | 2.0563658285159 | 2.43194992322331e-06 | 8.60109779991598e-05 |
BCLAF1#9774 | 52 | 1.66558827770168 | 0.000286690479205936 | 0.00304811839130498 |
BHLHE40#8553 | 33 | 2.19048793942345 | 3.28884967345976e-05 | 0.000654255563898026 |
BRCA1#672 | 53 | 1.58249145575571 | 0.000806555028198336 | 0.00615938875329088 |
CCNT2#905 | 191 | 1.79025813786962 | 1.57866835322314e-16 | 3.15851617130788e-14 |
CEBPB#1051 | 155 | 1.82770396745983 | 6.20710992178318e-14 | 9.97329774032483e-12 |
CHD2#1106 | 91 | 1.39246461228496 | 0.000862316567567634 | 0.00643741815583961 |
E2F1#1869 | 205 | 1.48818755776666 | 5.91403814521128e-10 | 5.67698740668861e-08 |
E2F4#1874 | 78 | 1.4616992671482 | 0.000542140281982163 | 0.0046828706401402 |
E2F6#1876 | 232 | 1.72186409726893 | 1.44418977877068e-18 | 3.30043186663088e-16 |
EBF1#1879 | 177 | 2.33201868615786 | 3.19158563225624e-27 | 1.12610139137571e-24 |
EGR1#1958 | 254 | 1.8742566421328 | 4.80041523149933e-26 | 1.59665785465783e-23 |
ELF1#1997 | 332 | 2.09125521053861 | 1.03530930866577e-47 | 7.06710254168266e-45 |
ELK4#2005 | 80 | 1.92138244478912 | 2.4290588599316e-08 | 1.6980487166827e-06 |
EP300#2033 | 129 | 1.29266047734141 | 0.00126105872948115 | 0.00846696963344791 |
ETS1#2113 | 127 | 1.82774058745517 | 2.1539303939277e-11 | 2.57679652246753e-09 |
FOS#2353 | 98 | 1.30443730809416 | 0.00399859413967487 | 0.0191748552896599 |
FOXA1#3169 | 84 | 1.3769811522905 | 0.00187981564613415 | 0.0110793491121109 |
GABPB1#2553 | 186 | 1.94465857031048 | 9.74387868171527e-20 | 2.42873734042879e-17 |
GATA1#2623 | 82 | 1.64488944939591 | 7.66855195877937e-06 | 0.000218346755186194 |
GTF2F1#2962 | 86 | 1.62072608787154 | 7.83860945829634e-06 | 0.000222159167765268 |
HEY1#23462 | 288 | 1.72123074025805 | 2.30282725100496e-24 | 7.13664615037706e-22 |
HMGN3#9324 | 158 | 1.91155405368253 | 7.0512798781119e-16 | 1.33896112580023e-13 |
IRF1#3659 | 171 | 1.93188609742519 | 1.0166877895145e-17 | 2.18931661956917e-15 |
IRF4#3662 | 55 | 1.78298549966113 | 3.37963181268807e-05 | 0.000670654316711627 |
JUN#3725 | 72 | 1.33272736959795 | 0.00832307680932835 | 0.0327871838748281 |
JUNB#3726 | 38 | 1.72071603709054 | 0.00104274089909976 | 0.00737324419506294 |
JUND#3727 | 120 | 1.24165632104219 | 0.00707152950286164 | 0.02949219190757 |
MAFK#7975 | 39 | 1.5635038348748 | 0.00463588054761611 | 0.0218881884499313 |
MAX#4149 | 204 | 1.94722089325067 | 5.58900308789575e-22 | 1.5483021047659e-19 |
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ZEB1#6935 | 83 | 2.07357967079311 | 4.09053624419563e-10 | 4.02270729573962e-08 |
Relative expression of the co-expression cluster<b>Summary:</b>Co-expression clusters are compared against FANTOM5 samples to obtain relative expression. <br><b>Analyst:</b>NA<br><br>link to data source<br> data