Coexpression cluster:C3: Difference between revisions

Revision as of 17:01, 12 September 2012

Full id: C3_occipital_temporal_insula_medial_postcentral_frontal_amygdala

Phase1 CAGE Peaks

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Hg19::chrX:9881045..9881073,+	p7@SHROOM2

Enriched pathways on this co-expression clusterSummary: Canonical pathway gene sets were compiled from Reactome, Wikipathways and KEGG. For the major signaling pathways, the transcriptionally-regulated genes (downstream targets) were obtained from Netpath. Combined, the canonical pathways and downstream targets totaled 489 human gene sets. The corresponding M. musculus gene sets were inferred by homology using the HomoloGene database. Enrichment for each of the canonical 489 pathways and gene sets included in the co-expression cluster was assessed by the hypergeometric probability. The resulting P values were also then adjusted by the Benjamini-Hochberg method for multiple comparisons. Analyst: Emmanuel Dimont link to source dataset data

p.value	FDR	nGenes	nPathway	Name
0.00164135385606443	0.0144302359845665	16	163	Purine metabolism (KEGG):00230
7.97922128926551e-11	2.65834056637109e-09	38	268	MAPK signaling pathway (KEGG):04010
0.000309191337671636	0.00365716750925839	12	87	ErbB signaling pathway (KEGG):04012
1.94542467481243e-11	7.69658636972669e-10	31	177	Calcium signaling pathway (KEGG):04020
0.000171626616880832	0.00246908292012652	20	189	Chemokine signaling pathway (KEGG):04062
2.35065216354517e-05	0.000442556706127155	13	78	Phosphatidylinositol signaling system (KEGG):04070
8.68902699197476e-18	1.100030817184e-15	49	272	Neuroactive ligand-receptor interaction (KEGG):04080
9.95575898646866e-05	0.00154574923504131	15	114	Oocyte meiosis (KEGG):04114
1.91017770719304e-08	5.49610222115089e-07	17	77	Cardiac muscle contraction (KEGG):04260
8.34904368847752e-06	0.000165154520462696	17	116	Vascular smooth muscle contraction (KEGG):04270
0.000132261414202706	0.00199336845691221	16	130	Axon guidance (KEGG):04360
0.00200311322254891	0.0171347387820738	14	136	Cell adhesion molecules (CAMs) (KEGG):04514
0.00162130044214339	0.0144302359845665	14	133	Tight junction (KEGG):04530
2.58957182508663e-05	0.000468342561508525	14	90	Gap junction (KEGG):04540
0.00234051072454858	0.0192408219303799	11	95	Fc gamma R-mediated phagocytosis (KEGG):04666
6.84468320450495e-12	2.88845631230109e-10	20	70	Long-term potentiation (KEGG):04720
0.000333740147620193	0.00383972534131117	15	127	Neurotrophin signaling pathway (KEGG):04722
2.92621762387199e-22	6.17431918636989e-20	38	126	Glutamatergic synapse (KEGG):04724
6.93256888712163e-06	0.000141558584049935	13	70	Long-term depression (KEGG):04730
0.000311985853870384	0.00365716750925839	9	52	Taste transduction (KEGG):04742
0.00207570057580104	0.0175189128597607	19	214	Regulation of actin cytoskeleton (KEGG):04810
2.37708183385834e-05	0.000442556706127155	15	101	GnRH signaling pathway (KEGG):04912
0.00383206101095075	0.0292252363847208	10	87	Progesterone-mediated oocyte maturation (KEGG):04914
0.000353264084217253	0.00385545112602622	13	101	Melanogenesis (KEGG):04916
2.78860409141606e-05	0.000490329552740657	10	48	Type II diabetes mellitus (KEGG):04930
0.000339691341411415	0.00383972534131117	8	42	Aldosterone-regulated sodium reabsorption (KEGG):04960
0.000195293065618205	0.00265669362638199	9	49	Endocrine and other factor-regulated calcium reabsorption (KEGG):04961
1.82351788832251e-07	4.50155057561243e-06	17	89	Salivary secretion (KEGG):04970
1.00802861245974e-08	3.03848624612864e-07	17	74	Gastric acid secretion (KEGG):04971
0.000353264084217253	0.00385545112602622	13	101	Pancreatic secretion (KEGG):04972
0.00238782383872998	0.0193337976331598	7	44	Carbohydrate digestion and absorption (KEGG):04973
0.00307679723884464	0.0237513738071787	9	71	Bile secretion (KEGG):04976
0.000361778961733144	0.00388145903012001	9	53	Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) (KEGG):05014
0.000813481327648882	0.00780202546063246	10	71	Bacterial invasion of epithelial cells (KEGG):05100
0.00190974375474984	0.0165598328322829	8	54	Vibrio cholerae infection (KEGG):05110
0.000396824303572963	0.00418649640269476	10	65	Glioma (KEGG):05214
0.000197258452511775	0.00265669362638199	12	83	Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) (KEGG):05410
2.45964433325034e-06	5.36880987223265e-05	14	74	Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC) (KEGG):05412
1.14666636602102e-06	2.5922850346118e-05	16	90	Dilated cardiomyopathy (KEGG):05414
0.00114123779004234	0.0107821421059225	11	87	GPCRs, Other (Wikipathways):WP117
2.93433799189714e-12	1.32673996347921e-10	30	155	Myometrial Relaxation and Contraction Pathways (Wikipathways):WP289
1.77198767906509e-17	1.86944700141367e-15	29	95	G Protein Signaling Pathways (Wikipathways):WP35
0.000289537646960382	0.00352456404857542	14	112	Wnt Signaling Pathway NetPath (Wikipathways):WP363
0.000563458460110064	0.00575272911693017	17	162	MAPK signaling pathway (Wikipathways):WP382
0.0011960821163974	0.0109727533286892	6	29	MAPK Cascade (Wikipathways):WP422
0.000237230180352531	0.00300333408326304	19	179	EGFR1 Signaling Pathway (Wikipathways):WP437
0.00019404830091025	0.00265669362638199	18	162	Insulin Signaling (Wikipathways):WP481
0.00304907687338176	0.0237513738071787	4	15	GPCRs, Class C Metabotropic glutamate, pheromone (Wikipathways):WP501
0.0013419006712292	0.0121346160698298	15	145	Regulation of Actin Cytoskeleton (Wikipathways):WP51
0.00649915204519984	0.0483995675836647	6	40	G13 Signaling Pathway (Wikipathways):WP524
3.73798733413152e-24	1.18307299125263e-21	43	149	Calcium Regulation in the Cardiac Cell (Wikipathways):WP536
4.45335387961862e-08	1.22564043730373e-06	11	32	Hypothetical Network for Drug Addiction (Wikipathways):WP666
0.0024129068136171	0.0193337976331598	6	33	Serotonin HTR1 Group and FOS Pathway (Wikipathways):WP722
1.66811821370854e-13	9.59926208434095e-12	38	220	Signalling by NGF (Reactome):REACT_11061
1.62185980156306e-14	1.28329656798677e-12	24	80	Opioid Signalling (Reactome):REACT_15295
2.93067027619041e-11	1.09124369695796e-09	54	466	Hemostasis (Reactome):REACT_604
0.0011960821163974	0.0109727533286892	6	29	Myogenesis (Reactome):REACT_21303
7.3514674352385e-14	4.65347888650597e-12	54	401	Transmembrane transport of small molecules (Reactome):REACT_15518
4.89582315520266e-57	3.09905605724329e-54	80	197	Synaptic Transmission (Reactome):REACT_13685
0.000213536093364131	0.00275853769590807	63	932	Signaling by GPCR (Reactome):REACT_14797
1.93523193576449e-07	4.53704376051453e-06	35	312	Diabetes pathways (Reactome):REACT_15380
0.000743379265681844	0.00735248554963449	5	18	Botulinum neurotoxicity (Reactome):REACT_11184
0.00276160212136729	0.0218511767853187	11	97	Cell junction organization (Reactome):REACT_20676
7.75369056445165e-09	2.45404306364895e-07	22	121	Signaling by Rho GTPases (Reactome):REACT_11044
7.17834033627251e-15	6.49127061837214e-13	30	125	Integration of energy metabolism (Reactome):REACT_1505
2.83186527254002e-21	4.48142679379458e-19	53	265	Axon guidance (Reactome):REACT_18266
0.000651778617831708	0.00654882325535669	50	728	TNF alpha/NF-kB up reg. targets (Netpath):NetPath_9
0.00402526347525223	0.0303332354742222	23	295	IL-2 down reg. targets (Netpath):NetPath_14
0.000801460459325646	0.00780202546063246	6	27	{APP,28} (Static Module):NA
0.00021288775170075	0.00275853769590807	7	30	{CALM1,30} (Static Module):NA
0.000100119618699358	0.00154574923504131	16	127	{CTNNB1,130} (Static Module):NA
5.50293187793985e-14	3.8703954208177e-12	15	28	{DLG4,28} (Static Module):NA
4.86342988339585e-13	2.36811624322275e-11	13	22	{DNM1,22} (Static Module):NA
9.52059182759834e-05	0.00154526528894096	10	55	{HTT,61} (Static Module):NA
6.97928098300167e-05	0.00116260127953686	6	18	{KCNAB1,18} (Static Module):NA
0.000556261825282942	0.00575272911693017	4	10	{KCNB1,10} (Static Module):NA
1.07145930809558e-07	2.82597392510209e-06	20	117	{MAPK14,123} (Static Module):NA
3.81532684760109e-06	8.05033964843831e-05	9	31	{NGF,31} (Static Module):NA
0.000169396639153474	0.00246908292012652	7	29	{PRKACA,33} (Static Module):NA
0.002313280014256	0.0192408219303799	4	14	{PRKCA,14} (Static Module):NA
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Enriched Gene Ontology terms on this co-expression clusterSummary: Results for GOStat analysis on co-expressed clusters. Each cluster with promoters mapping to at least two different genes was analysed with GOStat (PMID: 14962934) with default parameter. Analyst: Erik Arner link to source dataset data

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GO:0032956	regulation of actin cytoskeleton organization and biogenesis	0.0192563030010332
GO:0035023	regulation of Rho protein signal transduction	0.0194491787840978
GO:0051020	GTPase binding	0.0195024231989502
GO:0022839	ion gated channel activity	0.0195024231989502
GO:0009975	cyclase activity	0.0195024231989502
GO:0016849	phosphorus-oxygen lyase activity	0.0195024231989502
GO:0004888	transmembrane receptor activity	0.0197904834021775
GO:0015171	amino acid transmembrane transporter activity	0.0197904834021775
GO:0009101	glycoprotein biosynthetic process	0.0208028136846847
GO:0008104	protein localization	0.0210865141464763
GO:0055080	cation homeostasis	0.0216714793805513
GO:0005227	calcium activated cation channel activity	0.0218542230198429
GO:0005070	SH3/SH2 adaptor activity	0.023026740968566
GO:0008081	phosphoric diester hydrolase activity	0.0231602961311187
GO:0008194	UDP-glycosyltransferase activity	0.0231602961311187
GO:0015280	amiloride-sensitive sodium channel activity	0.0231602961311187
GO:0014070	response to organic cyclic substance	0.0231602961311187
GO:0005159	insulin-like growth factor receptor binding	0.0231602961311187
GO:0015031	protein transport	0.0242772637125771
GO:0042166	acetylcholine binding	0.0244244689044053
GO:0032403	protein complex binding	0.0244244689044053
GO:0009187	cyclic nucleotide metabolic process	0.0249006198614486
GO:0015837	amine transport	0.0261066645710581
GO:0043062	extracellular structure organization and biogenesis	0.0261066645710581
GO:0043228	non-membrane-bound organelle	0.0281493850476826
GO:0043232	intracellular non-membrane-bound organelle	0.0281493850476826
GO:0042277	peptide binding	0.028186950628365
GO:0042578	phosphoric ester hydrolase activity	0.028384165235609
GO:0006875	cellular metal ion homeostasis	0.0287695964652754
GO:0055065	metal ion homeostasis	0.0287695964652754
GO:0043226	organelle	0.0287695964652754
GO:0030641	cellular hydrogen ion homeostasis	0.02888624183372
GO:0004274	dipeptidyl-peptidase IV activity	0.02888624183372
GO:0007266	Rho protein signal transduction	0.02888624183372
GO:0035249	synaptic transmission, glutamatergic	0.0289453512870054
GO:0019228	generation of action potential	0.0289453512870054
GO:0001662	behavioral fear response	0.0289453512870054
GO:0003828	alpha-N-acetylneuraminate alpha-2,8-sialyltransferase activity	0.0289453512870054
GO:0050433	regulation of catecholamine secretion	0.0289453512870054
GO:0050773	regulation of dendrite development	0.0289453512870054
GO:0015467	G-protein activated inward rectifier potassium channel activity	0.0289453512870054
GO:0050432	catecholamine secretion	0.0289453512870054
GO:0016934	extracellular-glycine-gated chloride channel activity	0.0289453512870054
GO:0002209	behavioral defense response	0.0289453512870054
GO:0048813	dendrite morphogenesis	0.0289453512870054
GO:0016594	glycine binding	0.0289453512870054
GO:0046459	short-chain fatty acid metabolic process	0.0289453512870054
GO:0005955	calcineurin complex	0.0289453512870054
GO:0030971	receptor tyrosine kinase binding	0.0289453512870054
GO:0005828	kinetochore microtubule	0.0289453512870054
GO:0031090	organelle membrane	0.0300846136685895
GO:0000139	Golgi membrane	0.0309185665103524
GO:0006487	protein amino acid N-linked glycosylation	0.0309185665103524
GO:0048518	positive regulation of biological process	0.0317720368221124
GO:0019201	nucleotide kinase activity	0.0320068363608195
GO:0007205	protein kinase C activation	0.0320068363608195
GO:0008037	cell recognition	0.0320068363608195
GO:0043229	intracellular organelle	0.0321832983785056
GO:0044433	cytoplasmic vesicle part	0.0326307639790797
GO:0033036	macromolecule localization	0.0328881998720066
GO:0005815	microtubule organizing center	0.0334951653211668
GO:0019904	protein domain specific binding	0.0335330599975247
GO:0050772	positive regulation of axonogenesis	0.0343792829320921
GO:0030866	cortical actin cytoskeleton organization and biogenesis	0.0343792829320921
GO:0045296	cadherin binding	0.0343792829320921
GO:0009986	cell surface	0.0348574269229709
GO:0030027	lamellipodium	0.0350419539313411
GO:0051015	actin filament binding	0.0350419539313411
GO:0007416	synaptogenesis	0.0352550195950423
GO:0009190	cyclic nucleotide biosynthetic process	0.0388899513362532
GO:0051493	regulation of cytoskeleton organization and biogenesis	0.0389789572050633
GO:0033043	regulation of organelle organization and biogenesis	0.0389789572050633
GO:0008022	protein C-terminus binding	0.0412280066158162
GO:0015698	inorganic anion transport	0.0413638898525992
GO:0032555	purine ribonucleotide binding	0.041562681006896
GO:0032553	ribonucleotide binding	0.041562681006896
GO:0030865	cortical cytoskeleton organization and biogenesis	0.041562681006896
GO:0016566	specific transcriptional repressor activity	0.041562681006896
GO:0045104	intermediate filament cytoskeleton organization and biogenesis	0.041562681006896
GO:0042219	amino acid derivative catabolic process	0.041562681006896
GO:0008287	protein serine/threonine phosphatase complex	0.0415807749351989
GO:0033673	negative regulation of kinase activity	0.0415807749351989
GO:0006469	negative regulation of protein kinase activity	0.0415807749351989
GO:0005178	integrin binding	0.0420652056379092
GO:0045184	establishment of protein localization	0.0424276018319341
GO:0004994	somatostatin receptor activity	0.0431718315259558
GO:0018065	protein-cofactor linkage	0.0431718315259558
GO:0014069	postsynaptic density	0.0431718315259558
GO:0009062	fatty acid catabolic process	0.0431718315259558
GO:0060052	neurofilament cytoskeleton organization and biogenesis	0.0431718315259558
GO:0008089	anterograde axon cargo transport	0.0431718315259558
GO:0008306	associative learning	0.0431718315259558
GO:0035094	response to nicotine	0.0431718315259558
GO:0004439	phosphoinositide 5-phosphatase activity	0.0431718315259558
GO:0043121	neurotrophin binding	0.0431718315259558
GO:0008283	cell proliferation	0.0444135095297342
GO:0051348	negative regulation of transferase activity	0.0475131230643269
GO:0017016	Ras GTPase binding	0.0480922288412869
GO:0004702	receptor signaling protein serine/threonine kinase activity	0.0480922288412869
GO:0030073	insulin secretion	0.0480922288412869
GO:0007194	negative regulation of adenylate cyclase activity	0.0480922288412869
GO:0004016	adenylate cyclase activity	0.0480922288412869
GO:0031280	negative regulation of cyclase activity	0.0480922288412869
GO:0045103	intermediate filament-based process	0.0480922288412869
GO:0009247	glycolipid biosynthetic process	0.0480922288412869
GO:0051350	negative regulation of lyase activity	0.0480922288412869
GO:0017157	regulation of exocytosis	0.0480922288412869

Enriched sample ontology terms on this co-expression clusterSummary:To summarize promoter activities (expression profile of a TSS region) across ~1000 samples, we performed enrichment analysis based on FANTOM5 Sample Ontology (FF ontology). The question here is “in which type of samples the promoter is more active”. To answer this question, we compared expressions (TPMs) in the samples associated with a sample ontology term and the rest of the samples by using the Mann-Whitney rank sum test. To summarize ontologies enriched in this co-expression cluster, we ran the same analysis on an averaged expression profile of all promoters that make up. Analyst: Hideya Kawaji links to source dataset cell_data uberon_data

Cell Type
Ontology term	p-value	n
neurectodermal cell	3.07e-09	59
non-terminally differentiated cell	2.34e-08	180
neural cell	5.39e-08	25

Uber Anatomy
Ontology term	p-value	n
regional part of nervous system	4.71e-44	94
nervous system	4.71e-44	94
central nervous system	5.35e-41	82
adult organism	9.80e-40	115
neurectoderm	1.34e-35	90
neural tube	8.20e-35	57
neural rod	8.20e-35	57
future spinal cord	8.20e-35	57
neural keel	8.20e-35	57
neural plate	2.09e-34	86
presumptive neural plate	2.09e-34	86
brain	7.74e-34	69
future brain	7.74e-34	69
ectoderm	9.02e-32	173
presumptive ectoderm	9.02e-32	173
regional part of brain	2.26e-31	59
ectoderm-derived structure	1.71e-30	169
anterior neural tube	6.79e-27	42
regional part of forebrain	1.09e-26	41
forebrain	1.09e-26	41
future forebrain	1.09e-26	41
head	1.48e-25	123
anterior region of body	2.68e-25	129
craniocervical region	2.68e-25	129
pre-chordal neural plate	9.37e-25	61
organism subdivision	3.32e-24	365
telencephalon	1.12e-22	34
gray matter	1.29e-22	34
brain grey matter	1.29e-22	34
regional part of telencephalon	5.43e-22	33
cerebral hemisphere	1.44e-21	32
cerebral cortex	3.48e-17	25
pallium	3.48e-17	25
multi-tissue structure	2.38e-16	347
regional part of cerebral cortex	4.21e-16	22
multi-cellular organism	3.48e-15	659
neocortex	7.25e-15	20
tube	1.06e-14	194
epithelium	1.21e-14	309
cell layer	2.22e-14	312
anatomical conduit	2.04e-13	241
anatomical cluster	5.86e-13	286
embryo	2.20e-11	612
organ part	5.97e-11	219
anatomical system	3.09e-10	625
anatomical group	5.68e-10	626
embryonic structure	2.11e-09	605
developing anatomical structure	2.11e-09	605
germ layer	3.99e-09	604
embryonic tissue	3.99e-09	604
presumptive structure	3.99e-09	604
epiblast (generic)	3.99e-09	604
posterior neural tube	5.58e-09	15
chordal neural plate	5.58e-09	15
organ	6.63e-08	511
segmental subdivision of nervous system	7.67e-08	13
segmental subdivision of hindbrain	2.50e-07	12
hindbrain	2.50e-07	12
presumptive hindbrain	2.50e-07	12
basal ganglion	5.51e-07	9
nuclear complex of neuraxis	5.51e-07	9
aggregate regional part of brain	5.51e-07	9
collection of basal ganglia	5.51e-07	9
cerebral subcortex	5.51e-07	9
nucleus of brain	7.07e-07	9
neural nucleus	7.07e-07	9

Overrepresented TFBS (DNA) motifs on this co-expression clusterSummary:The values shown are the p-values for overrepresentation of the motif in this coexpression cluster. So a small p-value means a strong overrepresentation. Analyst: Michiel de Hoon link to source data Novel motifs data Jaspar motifs data

Novel motifs

JASPAR motifs

Motifs	-log10(p-value)
{{{tfbs_overrepresentation_jaspar}}}

ENCODE TF ChIP-seq peak enrichment analysisSummary: For each TF and each co-expression cluster, the number of promoters with ENCODE TF ChIP signal was compared with the rest of promoters from the robust set using Fisher's exact test. Clusters with significant ChIP enrichment (q <= 0.05) after Benjamini-Hochberg correction were retained. Analyst: Erik Arner link to source dataset data

(#promoters = Number of promoters in this coexpression cluster that have ChIP signal of the TF)

TF	#promoters	Enrichment	p-value	q-value
CTBP2#1488	138	2.2722357697105	2.17974383830546e-18	4.90625574846518e-16
CTCF#10664	927	1.30453075816239	8.62261428336122e-19	2.01914173349767e-16
EGR1#1958	826	1.08171066744898	0.00602173537770385	0.0269881140244609
NRF1#4899	379	1.21493723042332	5.54071683134625e-05	0.00093756792797954
POU5F1#5460	24	2.11355758331471	0.000604295917573234	0.00504613906895586
RAD21#5885	445	1.20976373942716	1.7553310813348e-05	0.000400973365711997
REST#5978	513	1.29967569739398	5.57835449268886e-10	5.36956465310537e-08
SUZ12#23512	247	3.24982879628053	7.22402324375903e-58	6.44845951756367e-55
ZNF263#10127	648	1.3987275874988	7.33189467487835e-19	1.72852313306912e-16

Relative expression of the co-expression clusterSummary:Co-expression clusters are compared against FANTOM5 samples to obtain relative expression. Analyst:NA link to data source data

@@ Line 1: / Line 1: @@
 {{Coexpression_clusters
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